Đối với tất cả các loài cây, rễ rất quan trọng, với hoa phong lan rừng cũng vậy. Rễ lan căn bản có 2 nhiệm vụ quan trọng :
+ Hút chất dinh dưỡng, nước và khoáng chất cần thiết cho cây phát triển.
+ Giúp cây bám chắc vào các nhành cây, hóc đá.
Theo nghiên cứu, ta thấy rằng rễ cây lan bao gồm 5 phần: Đầu rễ, thân rễ, lõi rễ, vỏ rễ và lông rễ. Nếu ra rễ quá ít, cây sẽ không hút được lượng nước cần thiết, không bám rễ vào giá thể được, cây sẽ chậm phát triển, hoa nở ít và thường không đẹp. Nếu rễ lan bị bệnh, bị thối rễ, cây sẽ bị thiếu nước, thiếu chất dinh dưỡng, cây sẽ bị chết dần.
Nếu giá thể lúc nào cũng sủng ướt, rễ lan sẽ không mọc dài thêm, vì vậy chúng ta nên để cho giá thể khô ráo 1 thời gian cho rễ cây phát triển nhanh.
Cây lan chỉ cần ẩm độ và có luồng không khí thường xuyên chuyển động quanh rễ. Rễ cây có màu trắng, cứng cáp, đầu rễ màu xanh lá là cây đang phát triển tốt. Ngược lại nếu quá nhiều nước, rễ cây sẽ có màu nâu và mềm nhũn.
Có nhiều cây lan rất khó ra rễ, dù vây chúng vẫn khó chết. Nếu gặp trường hợp như vậy, bạn đừng nản chí, hãy cho cây vào túi nylon, bịt kín lại và để trong bóng mát. Nhớ lâu lâu mở túi , phung sương và dung dịch phân bón vào cây. Sau một thời gian cây sẽ ra rễ và mọc thêm cây con.